特別支援教育センターの前身となる障害児治療教育センターは、国立学校設置法施行規則20条の教育研究施設として1987年に設置されました。1992年には専用の施設が完成し、心身障害児に関する基礎的研究、実践的研究教育方法の開発等に取り組んできました。その後、平成20（2008）年度に障害児治療教育センターから特別支援教育センターに改称し、平成24（2012）年度からは本学教育総合研究所附属特別支援教育センターとして活動を行ってきました。

センター長（兼任）	大内　毅 （副学長（研究担当）・技術教育研究ユニット教授）
副センター長（兼任）	中村　貴志 （特別支援教育研究ユニット教授）
センター教員 （教育・研修マネジメント部門）	中野　康子 （特別支援教育センター特任教授）
センター教員 （研究・相談支援部門）	門脇　弘樹 （特別支援教育センター特任講師）

特別支援教育センターでは毎年研究紀要を発行しています。